Пять раз прочел и не совсем понял, скорее всего ты пропустил частицу "не" перед "с правами апача".
Если так, то ведь владелец скрипта как раз root/wheel. А может ты пропустил частицу "не" перед "с теми правами владельца..."
Тогда нужен шелл на перл или другом языке? на каком? или может скомпилировать программу которая запустится как процесс и выполнит то что мне надо на правах root?