а) gif =256 цв, .png = 2^48 оттенков.
б) прозрачность в png тоже другая.

Есть два выхода: переделать картинку в гиф (только в Photoshop), чем то поступившись. Плюс- уменьшите объем лого.
(если совсем не получится- выкладывайте здесь ваш png, я переделаю в gif с мин. потерями)
Второе- использовать хак для IE (их много, например, как здесь _http://webfx.eae.net/dhtml/pngbehavior/pngbehavior.html)