ну, аппаратные алгоритмы не такие надежные как софтовые, так что лучше действительно прогнать винт мхддшкой и посмотреть что там посыпалось. Вот то, что посыпалось можно будет сразу и заерейзить тем же мхдд.
ЗЫ
а критичную инфу вообще лучше хранить на флехах и болванах - так уж точно надежнее.