Естественно,хэндлер для .pl .cgi файлов...
И поставить опцию +ExecCGI на диру,откуда будешь запускать скрипты, ну и,естественно, права ))

2 geforce
Думаю, что он все-таки имел в виду обфускацию\компиляцию...
Толково перловый код не обфусцируешь...всеравно легко все это вскрывается )
А в случае с компиляторами(perl2exe,perlcc), как уже было сказано - могут быть проблемы с работой скрипта в дальнейшем...