ну апач у тя не от рута => то что может рут не всегда может апач.
попробуй поменять права ffmpeg-а на 755, или же 777. проверь права на чтение и запись в диру.

насчет судо.. к сожалению нифига не помню, посмотреть нет возможности. но там было кажется что то типа этого %apache = комманда или нечто очень похожее. там толи в манах толи в самом файле все хорошо описано. там с правами судоерса правда маленкая проблемка есть. файл вроде 644 должен быть, иначе не работает насколько я помню.