Можно конечно и кабель бросить на оба этажа, а там уже с точек раздавать инет. Если же без кабелей, то надо будет учесть поляризацию антенн, и смотреть их диаграммы направленности. Если нет проблем с прокладкой кабеля, то я бы все таки остановился на нем, если же такие проблемы имеются, то тогда естественно по воздуху, но как уже говорил, антенны нужно будет подбирать с учетом поляризации. Если серверная на первом, то трудновато думаю будет 2 этажа пробить сигналом.
По безопасности: Если делать доступ по карточкам(логин:пасс или пин), то тогда стоит задуматься о радиус сервере.