Оно и будет лагать т.к данные пропихиваютя на флешку и обратно есть задержка.
Я сам пользовался persistence на флехе все это херня. Если хочешь ставь первую kali 1.1.0 там все норм но с обновами облом.
Лучший способ ставь xfce второй осью и не парься...
а возможно что флешка мала, у меня на 8 гигов стоит?
Без разницы на сколько флешка 8,16,32 гб все равно лаги будут persistence это как костыль который не всегда работает так, как вы от него ожидаете. Я сам ставил и gnome и xfce (persistence) на 16gb trancend 3.0 при первых загрузках все норм, но через какое то время начинаются тормоза. А если будешь обновлять kali до новой версии так это вообще на несколько часов....