FileZilla и Krusader самые удобные и чтор самое главное бесплатные

FileZilla рулит

Не знаю, пользуюсь Gnome-Commander'ом, и ничего вроде пока непоправимого не случилось

Кстати я так и не смог отучитсья от ковыряния скриптов через фар с колорером. Через вайн нормально пускается. Поэтому когда заливаю на сайтики - использую фтп-клиент от фара, а когда что-то другой - через mc

+1 filezilla
Еще использую комманду ssh в консоли

FileZilla...
Вроде как только она может рекурсивно делать chmod (при этом можно задать опции - "только каталоги" или "только содержимое")