если так стоит вопрос, то никак. А в чем выражается устаревание оси? Почему вы пришли к такому мнению?

сервер с 2008 года. Некоторые дистрибутивы не устанавливаются из-за устаревших зависимостей

есть такая админская поговорка: работает - не трогай.

но если очень хочется, можно руками поудалять/поустанавливать зависимости
потом запустить buildapache из скриптов directadmina - он пересоберет апач+пхп на новом окружении

На твоем месте, я бы ничего не трогал. Главное - стабильность работы сайтов. Это если серв на колокейшене. Если серв арендуешь, то бери новый, ставь новую os и за месяц плавно перенеси все сайты.

С 2008 года у тебя и железо устарело.

По другому ты очень рискуешь, в лучшем случае полезут глюки на сайтах.