Эталон это что? Еще раз тему распиши подробнее.

Сайт и изменения на нем - понятно
Сверка файлов с эталоном не понятно.
Файлы откуда беруться?

Одна папку из бэкапа (эталон, основа, оригинал, неизменная).
вторая - после правок. необходимо получить древовидную структуру измененных файлов.
и затем произвести определенние иземененного кода ( чтото близкое видимо diff делает?)

1. MD5 сумму папок потом файлов в папках сделать.
меняется MD5 чего либо(папки файлов) можно юзать diff

2. Использование inotify-tools
http://forum.vingrad.ru/articles/topic-176577/0.html

Может вы имеете в виду VCS

Если diff'ом то так:

Код:


А вообще если файлов так много, изменения разными юзерами обычно вносятся через систему по типу subversion. Там удобно сразу видно кто, когда, чего менял от изменения к изменению. У каждого из юзерей есть свой локальный репозиторий всей системы он его синхронизирует с основным хранилищем до и после собственных правок.