IDE with cross-platform from synpatic !

nginx+php-fpm - Mysql или PostgreSQL
Sublime или Atom для mac os Coda 2

lemp stack + vscode

1. DOCKER (виртуализация) и там море всего готового. Apache ставь в целях ознакомления! Ставь, и никого не слушай. Плюс, кто бы и как бы не ругал апач, но его htaccess и конфиг правил чпу на лету очень и очень удобны. И во многих cms задействованы. И многие сервера на хостинге включают его по-умолчанию. Давая переопределить те или иные параметры +/-. Тебе нужно знать: к чему быть готовым. В случае с разными сборками Nginx все не так тривиально. Но и его ставь тоже. Mysql, Mariadb fork или что-то подобное тоже поставь для ознакомления. Самое легкое в освоении и довольно распространенное. Но будь готов набивать шишки.
2. IDE, PHPStorm да, здесь был и совет про Eclipse. в том же PHPStorm е у тебя под рукой многое: и работа с фтп с горячим доступом посредством нажатия клавиш, и дружба с непрерывной разработкой, в том числе GIT и иже с ним, вполне вменяемый редактор версий визуальный, и множество надстроек и настроек, которые облегчают жизнь и кодинг согласно принятым и оговоренным стандартам PSR. Помогают разобраться в чужом коде: UML, дерево классов, подсветка синтаксиса нескольких десятков языков и многое, многое другое. Вплоть до отладки не отходя от кассы с выбором версии исполнения PHP и встроенного дебаггера с брикпоинтами. Плюс множество неявных подсказок, которые помогают избежать Notice и дополнительного рефакторинга. Но, не знаю как на Linux, на Windows этот друг с кучей удобных приблуд ест очень много памяти. Будь готов оснастить рабочую машинку 24 гигами оперативы и более. И ничему не удивляйся.
4. Советую все же ознакомиться в случае с Linux с текстовыми командами, наподобие tail, grep, cat, sed, chmod, chown, ls, vi, vim, top, ps и т.п. Вот, например, статейка. Не пренебрегай стандартным инструментарием. Как показывает жизнь, многие хостеры предоставляют доступ к консоли Linux сервера с очень ограниченными возможностями и минимумом предустановленного п.о. В идеале конечно работать на своих серверах, место на которых ты будешь продавать клиенту, но так бывает не всегда. И эти навыки тебе помогут на этапе переноса и внедрения проекта-) или же тестирования: что пошло не так, где лежат логи, как их быстро просмотреть, что в них найти, как нагружен сервер и т.д.

В итоге: просто поставить и пользоваться - мало. Освойся: где лежат конфиги, как их менять, где прописываются настройки, как подключать модули и расширения, куда кладутся логи. Удачи, добрый человек-) на этом тернистом пути.

Использую XAMPP + SublimeText3. Для больших проектов PHPStorm.

По вебосерверу голосую за чистый LAMP - для разработки.
По IDE - нверное PHPStorm или лобстер.

Производительней LEMP

В систему никакой не ставить. Будут проблемы если нужно ставить скрипты с разными запросами по версиям, а апргейды станут адом изза зависимостей пакетов.
Лучшее решение использовать Docker или Vagrant.

Я с недавних пор работаю в Atom. Рекомендую, очень доволен. Но это не IDE а редактор, разница заметна после перехода с Eclipse.

QtCreator

Для терминала: screen, curl, rsync, wget

Когда то пользовался связкой nginx(фронтенд)+apache, потом как то сервера у меня стали все выделенные, ресурсы росли быстрее, чем задачи, и я плюнул на экономию ресурсов и оставил только apache. И настройки привычнее, и если ставишь какой-нибудь хитровыделанный движок для сайта - всё работает. Хотя, ничего против nginx не имею, вещь хорошая.
Что касается IDE - NetBeans. Не айс, но проблем с лицензиями нет))