На хостингах обычно, что естественно, используются логически упорядоченные скелеты конфигураций хостов. Те , что-то вида: /serv/userXXX/conf/vhost.conf и подобное. Тупое спихивание конфигураций в httpd.conf или конфигов массово в папку а-ля sites-enabled способствует ухудшению удобства в настройке и использовании, а так-же не неверно сточки зрения изоляции уникального клиента. То-же касается и php.ini файла. Но это банальная схема для среднестатистического хостинга. Иные конфигурации используются в случаях если система не очень масштабна или следование логически верным построениям конфигурации системы не очень строги. Опять-же, излишняя унификация не столь необходима в случаях небольшого количества виртуальных хостов на сервере.