Добавлю от себя. При возможности выполнять команды, не работайте лишний раз в веб-шелле - делайте бекконнекты.
1.Всегда переименовывайте рабочий процесс бек-коннекта. Простенькая утилиты с подменой первого аргумента в exec вам поможет. Процесс переименованный в процесс веб-сервера (или что вы ломаете) намного незаметнее обычного /bin/bash. Порождаемые подпроцессы обычно висят недолго.
2. Старайтесь не использовать лишних аргументов при запуске бинарников.
К примеру nmap умеет читать CMD из переменных окружения.
NMAP_ARGS="127.0.0.1 80-443" nmap
Совмещая с переименовыванием процесса, можно очень тихо работать из шелла.
3. Отвязывайтесь от родительского процесса перед созданием бекконнекта.