вариант 1:
можно командой, которую привел Kaimi
заливаешь на сайт вебшелл, заходишь в него и ищешь :: Command execute :: , видишь поле Enter:, и вводишь туда команду, полученную от Kaimi , посмотри чтобы права на запись были(в шелле от маднета, если есть права у чего-либо, то права зеленым выделены )
вариант 2:
в этом же шелле ставишь галки напротив папок, которые ты хочешь себе скопировать, и ниже выбираешь Copy, после этого Pack buffer to archive и скачиваешь получившийся архив...