Метод защиты по любому должен быть...Ведь DDoS это людской фактор...Я считаю что это лишь дело времени.
Вот я думаю было бы интересно сделать скрипт который не банит нападающего а переносит его на другую страничку (на другой сайт и т.д).Это тоже очень не эффективно но всё же...Еще думаю можно попробовать сделать цепочку сайтов,то есть заходите вы на домен xxxxxx.com а оказываетесь на aaaaaa.com то есть вы прошли например через 10 сайтов и оказались непосредственно на интересующем вас ресурсе.