PyInstaller крутая вещь, особенно полезно почитать его исходники в плане защиты кода
ну защита кода для мну такая задача не стояла, а вот выкурить приложение на PyQt4 со всеми зависимостями вместе то у него получилось на 5+, не радует только то, как это реализовано - посредством хуков