Оно и будет лагать т.к данные пропихиваютя на флешку и обратно есть задержка.
Я сам пользовался persistence на флехе все это херня. Если хочешь ставь первую kali 1.1.0 там все норм но с обновами облом.
Лучший способ ставь xfce второй осью и не парься...