Сервера и так _всегда_ стоят в отдельном помещении под замком (или с сильно ограниченнным доступом). Щифруют на уровне фс потому, что есть определённые ребята, которые могут получить доступ даже к таким серверам. Правда, имо, от них и шифроваание не спасёт.