Пробовал так копировать. Все хорошо копируется.
Но есть не большая проблема.
Есть специфическая программа для работы с файлами проектов контроллера.
Когда она открыта и использует файл проекта она не дает копировать файлы которые в ней открыты.
И копии создаются не полноценные. И об этом узнал только когда решил откатиться. Но не получилось не хватало файлов.
После этого стал копировать файлы только убедившись что у всех пользователей закрыта эта программа.
Но это тоже не является гарантией что в момент копирования файлов никто не начнет эти файлы использовать.
Для того что бы удалить из памяти перед копированием программы "захватывающие" файлы можно использовать консольную утилиту taskkill, комманда taskkil /? подскажет синтаксис. А если эти файлы открыты кем-то по сети, то можно перед бекапом закрывать сетевой доступ к определённой папке с обрубанием "хвостов", а после открывать такой же доступ, через команду net share /?