Спасибо всем, кто откликнулся, но пока не получается.
sublime++ открываешь оба файла(строк в каждом должно быть поровну). в одном просто выделяешь все, копируешь в буфер. во втором включаешь поиск, регулярные выражения и знак конца строки($ или начала ^, не важно) и жмешь find all. Затем просто из буфера вставляешь содержимое и все.