Вообще это неоднозначный вопрос. Например бэкапить базу каждый день\два\неделю (нужное подчеркнуть, смотря какая интенсивность заполнения и тп) - и после бэкапа с чистой совестью чистить журнал, т.к. бэкап у нас есть, и мы в случае чего сможем с чистой совестью его "накатить".