убей апач, оставь nginx =) это общий совет. А по делу — искал бы причину в своём софте. Вряд ли это проблема апача, скорее того, что он пытается обработать. php (perl, python etc), mysql, memcache если юзаешь на прямую и так далее. Скорее всего apache отдает запрос кому-то и долго ждет ответа. Забивая детей новыми запросами, которые так же попадают в бесконечную очередь.