Апач и Mysql хочешь обезопасить что ли?
На 1000 посещений ничего тюнить не надо, все ранботает из коробки.
Ради интереса приведи вывод команды uname -a, есть подозрение что ядро старое и про безопасность можешь забыть вообще

В центосе очень старое ядро, насколько помню 2.6.18, но это совсем не означает, что оно дырявое. Просто майнтейнеры дистрибутива поддерживают его. Про софт:

Апач нужно запускать в mpm, например, я использую mpm_peruser, который позволяет запускать все окружение виртуального хоста от определенного пользователя. Если заинтересует, могу подробней рассказать. + бэкапы бд и файлов спасут, если сайт будет взломан. С похапэ не забываем про basedir, но это защита от дурака.

А вообще, тема слишком обширная. Можно книгу написать.

iptables настрой.. запрети и закрой все порты которые не юзаешь

Дособираем Suhosin patch для PHP (в новых версиях он стоит по дефолту)
#Конфигурим PHP
register_globals = Off (по дефолту он off - но мало ли..)
display_errors = Off
open_basedir = path (коллеги уже рекомендовали)
желательно
allow_url_fopen = off
allow_url_include = off
К апаче прикручиваем mod_security

### Затягиваем гайки (не факт правда что все скрипты будут отрабатывать должным образом - но если уже заработает - то спать можно спокойно

safe_mode = On
magic_quotes_gpc = On

Если есть возможность - убираем с сервака все качалки - wget, curl, fetch, lynx ... - это может стать решающим звеном...

Этого должно хватить

А затем создаем пользователя test test, чтобы првоерить как все работает.
Обезопасить машину можешь, заперев ее в сейф, всего не предусмотришь

Если на сервере web-хостинг, то прежде всего надо следить за форумами/бордами/feedback формами, там где может быть SQL-Inj и XSS-Inj. За апачем и php надо тоже следить, обычно RedHat'овцы быстро выкладывают пачти на всякие потенциальные уязвимости, но в тоже время не забывай почитывать анонсы с официальных сайтов. Через iptables желательно ограничить UDP-трафик, а также возможное кол-во подключений для уникального IP. Плюс поставить блокиратор от брутфорса по ssh, это детский лепет, но нагрузку могут повышать этим и логи засоряются только так. Про всякие бэкапы думаю не стоит говорить.

Можно загнать вебсервер в chroot