Не проверял, но уверен, что здесь есть такая же небольшая проблемка как в [mail.ru] Question Brute 1.06 с сохранением списков. Дело в том, что если в качестве сурса указан не source.txt, а файл с другим названием, то после нажатия кнопки Save список сохраняется всё равно в source.txt. Это не всегда удобно, т.к. порой source.txt бывает задействован или сгенерирован под другие нужды.
По кнопке save всегда сохраняет оставшиеся строки в файл source.txt, и размещает его в папке с программой.