можно еще
atp-get upgrade -f

связи он сам проверяет такчто не заморачиваюсь, если дестрибутив не обновляет значит он еще не протестирован для данной сборки попозже обязательно скачается. [Y] вполне для меня как для новичка хватает. Лижбы была связь с интернетом и место на диске.

про конфиги не знаю даже. возможно ты force инстал делал. обновлений уже выкачал много метров на 400 точно, небыло такого чтобы конфиги слетели. Хотя по старой привычке из DOS(все что на дискете то не пропадет ), заархивировол еще в начале после настройки весь
/etc/*
/home/*
/var/*
и скинул все на флешку "бережоного" сами понимаете.