На самом деле, если задуматься, то установка джавы как раз работает правильно. В Дебе, как и в любом другом никсе можно наставить много разных джав. А вот, какую джаву выбрать для употребления в конкретном приложении, использующем джаву, это дело хозяина. Поэтому приходится выбирать нужною джаву ставя в соответствие с конкретными программами через симлинки. В этой технологии на уровне графической среды не хватает утилитки, в которой можно было бы выбирать соответствие программ-клиентов и версии джавы из списка установленных. На уровне же командной строки и так всё зашибись, если знать куда что подключать...

ЗЫ. А разработчики никсов поголовно любители командной строки вплоть до консольной аси и могут просто не подозревать о проблемах простых смертных, сидящих под разными там Кедами или Гномами (как я)