Если diff'ом то так:

Код:


А вообще если файлов так много, изменения разными юзерами обычно вносятся через систему по типу subversion. Там удобно сразу видно кто, когда, чего менял от изменения к изменению. У каждого из юзерей есть свой локальный репозиторий всей системы он его синхронизирует с основным хранилищем до и после собственных правок.