Есть ф-ция на php ftp_exec($fp,$command)
где $fp -идентификатор подключения(он же ресурс)
$command команда для исполнения на ftp.
Внимание вопрос какой командой запустить php скрипт на хостинге т.е. что должно содержаться в $command.
Если скрипт как консольное приложение.
$command = 'Скрипт как консольное приложение.exe';
иначе, узнаем путь до PHP.exe (php-win.exe) и делаем следующее:
$command = "Путь до php.exe Путь до скрипта.php";
Пример:
$command = "c:\appserv\php\php.exe c:\appserv\www\files\reports\game_servers.php";