Да наверняка просто там все. Определяем, что скайп включился и начинаем перехватывать звук с микрофона. Пакуем его в MP3 и кидаем его, например, на какой нибудь FTP. Вот и весь супер-троян. При таком раскладе можно вообще тайком включить запись с микрофона и писать все, что происходит в комнате. Ведь вы же вряд ли физически отключаете микрофон, когда он не нужен?

Вау, новость года.
Как только слеш выложил исходники своего микспая, так сразу куча великих идей появилась.
А я его предупреждал насчёт исходников =))
Опять таки, завтра (1 сентября) следите за новостями на Prank.Ru и вы увидите микспай в боевом действии.

Как насчет позвонить в скайп?
разобраться в чем дело и как они такое допустили?