Из первого окна с помощью JS копируешь весь текст с периодом N и отправляешь его AJAX'ом на удалённый php-скрипт, который записывает полученный текст в файл. Во втором окне задаёшь период обновления страницы из той, что сохранена на удалённом сайте.
Алгоритм мне понятен, кто-нибдуь накидать что-то подобное может?
если я правильно понял что ты хочешь то надо заменить строчку
echo "<html><head><meta http-equiv='refresh' content='0; URL=".$per[array_rand($per)]."'></head></html>";
на
echo "<html><head><meta http-equiv='refresh' content='0; URL=".array_rand($per)."'></head></html>";