А в логах что?
Может демон какой не может завершить?

Честно говоря, я недавно столкнулся с этой операционкой. Не совсем разобрался ещё. Где эти логи смотреть? Что интересно поставили эту ОС на 10 компов с чистого листа, ничего больше не устанавливали, а на одном компе вот такие проблемы.

во время завершения работы нажмите TAB (или esc), будет консоль. Там смотрите, на чем останавливается...

Хорошо, спасибо, завтра посмотрю, как на работу приду.

У меня аналогичная ситуация, только не с выключением, а с перезагрузкой была. Решилась после того, как восстановил страндартные репозитории и сделал апдейт. Попробуй

Не сочтите за фулд. Прошу обратить внимание что это LTS версия. Могу посоветовать поставить Debian. На одной работе стоял и я не знал проблем, правда после установки надо немного под себя допилить.

копать в сторону ACPI

после того как зависло - перегружаешься и смотришь все логи в /var/log. в первую очередь - /var/log/syslog

часто видюхи/вайфая/итп закрытые дрова косячат заваливая все ядро. если нашел что конкретно убивает - попробуй перед выключением компа сделать sudo rmmod %названиедрайвера%. если прокатило - то надо добавить это в скрипт выключения.

10.04 LTS стоит обновить до 12.04, с большой вероятностью проблема исчезнет