Тяжелые / относительно тяжелые приложения работают заметно хуже. Photoshop тот-же -)
Лёгкие-же - не заметно разницы вообще.
Некторые игры (для меня единственная игра которую запускал - Warcraft 3, жестко проседает в моменты массовых баталий).
Опять таки правда, игры сильно зависят от видеокарт.

Работаю переодически чрез вайн в фотошопе (cs2) производительность много быстрее чем на винде (сравнивал работу на ноуте между ХР и debian)
Запускал еще гдет год назад Track Mania чрез вайн шустро впринципе, но иногда лагало сильно (возможно серваки лагали) вот както так.
А вообще за вайном прорыв. уверен. уже многие рабочие станции в офисе переведены на линукс, а под вайном тянем 1С. Тяжко, нуторно, но тянется! От релиза к релизу легче.

обычно теряют в производительности, конечно. чем сложнее программа, тем больше теряет. я вот пользуюсь периодически photoshop cs3 под wine. работать можно, по скорости загрузки примерно аналогично винде (то есть тормозит и там, и там), но есть лаги - панельки инструментов плохо прорисовываются например. то же самое с flash cs3.
ms office 2003 работает также как в винде.
игры - многие не запускаются, те что запускаются обычно работают))
вот недавно установил rome total war - все отлично идет, немного задумчивее, но это по-видимому по причине композитного менеджера окон

Юзаю под вайном Sound Forge Pro 10, особой разницы с виндой не заметил... Что там, что там работает стабильно и быстро (хотя траблы с прорисовкой панелей, иногда, проскакивают)...

Был комп Athlon 1700, GeForce-mx-440, debian lenny.
Запускал WarCraft III, CS1.6, 1C. Все работало хорошо, без глюков. С 1С правда повозится пришлось, там есть несколько дефолтных глюков под запуском из под вайна.

Про тормоза 1С под Вайном тоже наслышан, возможно это можно обойти коммерческой реализацией Вайна, например, Кроссовер'ом. Собсно, очень логично выглядит ситуация - возможно так и задумано , чтоб сугубо коммерческие продукты стыковались хотя бы ключевыми местами с так же коммерческими продуктами