В ТЗ указан сервер с хранилищем баз крупных программ, следовательно, это файловый сервер, samba давно корректно работает с виндой.

"И не факт, что в самый ответственный момент дорогой линукс специалист не заболеет, или не уедет в другой город, и вся работа фирмы накроется медным тазом." Просто с линем меньше вероятности "ответственного момента", чем с виндой.)))