может тогда уж сразу линукс? почему именно WinCe?
скачать можно. а на использование может накладываться ряд ограничений.

я полагаю дешевле будет выкинуть устройство, даже партию устройств, чем портировать ntfs. лицензинная и патентная чистота портировнания тоже не ясна.

можно зайти с другой стороны: а может нафиг ntfs? чем обусловлен выбор ntfs? может fat или exfat

чем этот не подходит http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa910341.aspx ?