Затем перезапускаем систему и снова пробуем ввести whonixcheck .
Бывает,такое ,что с первого раза обновлений не происходит при первом запуске ,тогда пробуем повторить процедуру.
Если не поможет,то надо искать причину в установке и настройке.
Это все делал несколько раз, sources list тоже проверил, вобщем пришлось переустановить заново систему, заработало.