На самом деле директория C:\Windows\winsxs занимает меньше, в ней большое количество жестких ссылок на различные компоненты операционной системы. Вообще в winsxs хранятся копии компонентов системы которые были установлены до обновления ОС. Размер winsxs можно уменьшить, но не удалить целиком. https://msdn.microsoft.com/ru-ru/library/dn251565.aspx
Попробуйте отключить обновления ОС для установки дальнейшего роста размера этой директории.