Вы, видимо, пытались установить VB другим способом, к примеру, из репозитария OS, с которой работаете.
У вас остались в системе файлы ядра VB, которые конфликтуют с устанавливаемой версией.
Вы смешали файлы Open source редакции (OSE) и VirtualBox Personal Use and Evaluation License (PUEL).
Выход: удалить подчистую все пакеты VB и поставить либо целиком из репозитария OS, либо с сайта VB.

А не подскажите как это сделать?

Какой дистрибутив Linux и версия?
Вам нужна OSE или PUEL ? (Если запускать Windows с гостевыми дополнениями, то PUEL).

Я уже сломал всю систему и поставил заново, всё установилось (PUEL), спасибо!

Но выявил баг:
Создаю разметку на втором жестком, всё ставится без проблем, но после перезагрузки всего компа пишет об отсутствии файла vdi
VD: error VERR_FILE_NOT_FOUND opening image file '/media/.../win.vdi' (VERR_FILE_NOT_FOUND).
Диск примонтирован, открывается

Возможно, нужно дать права на файл и каталог группе vboxusers.

А всё-таки, под каким дистрибутивом ставили ? Видимо, под Centos ?

Сам, в основном, работаю под Debian и его производными, и особых проблем с установкой VBox не было.
Вчера поднял Centos 7, и там есть тонкие моменты с VBox.
- Должны подгружаться библиотеки, совпадающие с версией ядра, что не всегда происходит и это нужно контроллировать и иногда принудительно подгружать нужную версию.
- Должна быть последняя версия EPEL.
- В части HowTo указывают устаревшие команды для пересбоки ядра VBox, соответственно пресборка не происходит и ничего не работает.

Оставлю ссылку на правильный HowTo для Centos 7.
Может кому-то пригодится.