Есть инъекция, file_priv=y. Как можно узнать абсолютный путь к сайту, при условии, что вывод ошибок отключен, в httpd.conf отсылка типа Include "/etc/httpd/vhosts/*.conf", а угадать *.conf не получается? Логи не открываются, видимо, нет прав на чтение.
1)Попробуй
/etc/httpd/vhosts/default.conf
/etc/httpd/vhosts/(домен).conf
2)Прогони сканером директорий на стандартные пути к файлу с phpinfo(); (часто оставляют в корне web директории что-нибудь типа info.php, phpinfo.php, 1.php, и так далее) . там можно будет прочитать путь.
3) Посмотри что еще за сайты на сервере (можно здесь http://madnet.name/tools/madss/ ), спровоцируй ошибку на других доменах, так же попробуй найти на них пхпинфо, по шаблону подобрать путь к основной жертве.