Base64 просто удобен, чтобы PowerShell не ругался на кавычки и спецсимволы в длинных командах. Можно писать и напрямую, но часто вылезает каша с экранированием, а с base64 проще и надежней, особенно если запуск через -EncodedCommand. Так что на практике лучше кодировать, чтобы не париться с синтаксисом.